В организационную структуру АО «АлЭС» входят 8 производственных подразделений (департаменты):
1. ТЭЦ-1 - производство электрической и тепловой энергии;
2. ТЭЦ-2 - производство электрической и тепловой энергии;
3. ТЭЦ-3 - производство электрической и тепловой энергии;
4. Капчагайская ГЭС - производство электрической энергии;
5. Каскад ГЭС - производство электрической энергии;
6. Западный тепловой комплекс (ЗТК) – производство тепловой энергии;
7. Производственное ремонтное предприятие «Энергоремонт» (ПРП) – ремонт оборудования АО «АлЭС»;
8. Центр по приему и выгрузке топлива (ЦПВТ) – прием и выгрузка топлива для энергоисточников АО «АлЭС».