1943 жылы Ш.Шөкин КСРО Ғылым академиясының Қазақ филиалына жаңадан ұйымдастырылған энергетика секторының басшысы қызметіне жұмысқа жіберілді. Соғыс уақыты, республикада бұл бағыт бойынша жоғары оқу орындары жоқ, энергетика өнеркәсібі өте әлсіз болатын. Мұның бәрі оған секторды кадрлармен қамтамасыз етуге және оны қажетті эксперименттік жабдықтармен және бақылау-өлшеу аспаптарымен жабдықтауға қиынға соқты. Дегенмен, қабылданған ірі іргелі шаралардың арқасында ол секторды тез дамытып, оны 1944 жылдың қарашасында Энергетика институтына айналдыра алды. Ол оның алғашқы директоры болды. Осылайша оған Қазақстан тарихындағы алғашқы энергетика жөніндегі ғылыми-зерттеу мекемесінің бірінші ұйымдастырушысы және басшысы болу бақыты бұйырды. Ол оны жоғары бағалап, мақтан тұтты.
Қазіргі уақытта қазақстандық энергетика ғылыми-зерттеу институты бұрынғы КСРО-дағы энергетика ғылымының іргелі негіздерін де, барлық техникалық бөлімдерін де қамтитын энергетика саласындағы ең ірі кешенді ғылыми мекемелердің біріне айналды. Халық шаруашылығын электрлендіру бойынша өндірістік тәжірибе, ғылыми эрудиция, сондай-ақ Ш.Шөкинге институт қызметін Қазақстан энергетикасын дамытудың өзекті кешенді проблемаларын шешуге бағыттауға және көптеген ғылыми зерттеулерді жеке өзі басқаруға мүмкіндік береді.
Шапық Шөкинұлы институттың негізгі ғылыми бағыттары бойынша эксперименттік базалар құру, ғылыми кадрларды даярлау және тәрбие мәселелеріне көп көңіл бөледі. Қазақ энергетика ҒЗИ өзінің ерекше ерліктерінің арқасында қуаты 750 кВт жұмыс істеп тұрған су электр станциясы сияқты, ұқсас емес ірілендірілген эксперименттік базалар мен қондырғыларға ие; 1:5 масштабтағы Ермак МАЭС қазандығының жұқа отының моделі; өнеркәсіпке жақын энерготехнологиялық циклондық камералар; Ермак МАЭС-тегі газ тазалаудың эксперименттік стенді; ЖЭС оттықтары мен жанарғыларын, көмір бөлшектерінің жануын, энергетикалық жабдықтардың тозуын, қыздыру беттерін шлактауды, плазмотронды, шаң-газ шығарындыларын, отынды дайындаудың плазмалық және отты тәсілдерін, гидрокүлді жоюды, ЖЭС градирняларын, электр энергетикалық жүйелердің жұмыс режимін, ГЭС электр күштік жабдықтарының гидротурбиналық блогын және сорғы агрегаттарын, жылу гидроэлектрлі және электр станцияларының гидротехникалық құрылыстарын гидравликаны және т. б. жұқа және ірі ауқымды зерттеуге арналған зертханалар құрылды.
Ш. Шөкиннің тағы бір еңбегі-ол институттың алғашқы қалыптасу жылдарында шағын электромеханикалық шеберхана ұйымдастырды, уақыт өте келе ол зауытқа айналды. Қондырғылар мен жабдықтарды өндіруде, институтта ғылыми-зерттеу жұмыстарын жүргізуде оның маңыздылығы зор.
Ш. Шөкин жоғары білікті ғылыми кадрларды даярлауға көп көңіл бөлді. Институтта басшылық еткен кезеңде 20 ғылым докторы және 200-ден астам ғылым кандидаты дайындалды. Олар Қаз энергетика ҒЗИ ғалымдарының негізін қалады және олардың едәуір бөлігі республиканың көптеген жоғары оқу орындары мен ғылыми мекемелерінде жұмыс істейді.
Көптеген жылдар бойы Ш. Шөкин Г.Кржижановский, Қ.Сатпаев сияқты атақты ғалымдармен достық және іскерлік қарым-қатынаста болды, олардан ол Қазақстанның энергетика және өндірістік күштерін дамыту, сондай-ақ ғылыми процесті ұйымдастыру және энергетикалық ғылымды дамыту бойынша бірқатар ғылыми зерттеу жұмыстарын таңдау және орындау идеяларын бағыттайтын аса құнды кеңестер алды. Сондықтан Шапық Шөкинұлын олардың нағыз шәкірті деуге болады.
Ш. Шөкиннің ғылыми қызығушылықтары энергетиканың бірқатар маңызды бөлімдерін қамтиды: атап айтқанда, жалпы энергетика, су шаруашылығы-энергетикалық проблемалардың гидроэнергетикасы. Ш.Шөкиннің басшылығымен және оның Қазнэнергетикаға тікелей қатысуымен республиканы электрлендіруді дамытудың ғылыми негіздерін әзірлеу бойынша маңызды зерттеулер орындалды. Оның зерттеулері өзара байланысты мәселелерді толық қамтумен және оның әр түрлі ішкі және сыртқы байланыстарын ескере отырып, күрделі энергетикалық жүйелердің даму заңдылықтарын талдау тереңдігімен ерекшеленеді. Шапық Шөкинұлы тұтастай республика энергетикасын және оның жекелеген энергия-экономикалық өңірлерін ғылыми-техникалық дамытудың кешенді жүйесін құрды, Қазақстанның отын-энергетикалық кешендерін қалыптастыру жолдарын негіздеді, өндіруші қуаттардың ауқымын, құрылымын және дислокациясын бағалау, сондай-ақ энергия тұтыну және халық шаруашылығы салаларын энергиямен жабдықтау жолдарын оңтайландыру әдістемесін әзірледі.
Шапық Шөкинұлы 450-ге жуық ғылыми еңбек пен жарияланымның, оның ішінде жалпы көлемінде 365 баспа беттері, 20 монографияның авторы.
1988 жылдың ортасында, оның жеке өтініші бойынша, үлкен жасына байланысты, ол 1944 жылы КСРО КСРО Ғылым академиясының Қазақ филиалына жаңадан ұйымдастырылған энергетика секторының алғашқы басшысы болып тағайындалған директор қызметінен босатылды.
Директор қызметінен босатылғаннан кейін КСРО энергетика және электрлендіру министрлігінің коллегиясы мен Қазақстан Ғылым академиясы Президиумының бірлескен шешімі бірден оған Қаз энергетика ҒЗИ-дің Құрметті директоры болып тағайындады. Құрметті директор лауазымында бола отырып, ол институттың шығармашылық және ғылыми-ұйымдастырушылық қызметіне белсенді қатысады және өзекті тақырыптар бойынша үлкен ғылыми-зерттеу жұмыстарын жүргізеді.
Осылайша, Ш.Шөкин алпыс жылға жуық (59 жыл) Қазақ энергетика ғылыми-зерттеу институтын басқарды. Ш.Шөкин Қазақстан энергетикасы мәселелері бойынша ғалымдарының бастауында ұзақ уақыт алғашқы көшбасшы болу өте сирек, бұрын болмаған құрметке ие.
Ш.Шөкин өзінің өмірбаянында былай деп жазды: «Өмір бойы адал, әділ, объективті және өзіне және басқаларға талапшыл, мейірімді, кек сақтамайтын болып, адамгершілік пен мақсатқа ұмтылған еңбекқорлыққа қалай қол жеткіздім – бұл туралы өзгелер айтсын», әрине ҚазэнергетикаҒЗИ ұжымы мен жақын достары бұған куә.
1992 жылы 30 қыркүйекте Ш. Шөкин есімі туған жері Қазақ энергетика ғылыми-зерттеу институтына берілді.